Сумісна з консолями Nintendo DS FAT та Lite.
У Готем-сіті назріває біда: Джокер виношує черговий мерзенний план зі знищення Бетмена. Він починається зі злому Готемського музею і закінчується падінням Джокера з Готемського мосту, очевидно, на смерть (як показано в перших рівнях гри). Тепер інші суперлиходії Готема, включно з Містером Фризом і Отруйним Плющем, не заспокоюються і хочуть заповнити порожнечу, залишену Джокером. На щастя, Бетмен не самотній у своїх спробах зупинити їх, адже на допомогу приходять його вірні супутники Робін і Бетгерл.
Batman: Vengeance для GBA має той самий основний сюжет, що і його аналог на консолях (а для сюжетних сцен використовуються кадри з рендерингу тієї версії), але відрізняється геймплеєм. Обидві гри натхненні мультсеріалом 1990-х років про Бетмена, а не коміксами.
Після завершення гри в режимі Story Mode видається пароль для Advance Mode. В Advance Mode представлені дещо інші версії оригінальних рівнів з різними цілями: у рівнях з бічною прокруткою, головоломці та бетмобілі необхідно зібрати три диски з даними і дістатися до кінця рівня до закінчення таймера. У рівнях "Бетплан" Джокер розмістив три "Піро-іграшки", які необхідно знищити, знову ж таки до закінчення таймера.