У Command & Conquer: Red Alert 3 безнадійні лідери приреченого Радянського Союзу відправляються в минуле, щоб змінити історію. З'являється нова альтернативна часова лінія, де Радянський Союз тепер виявляється провідною наддержавою, але також виявляє, що щось ще пішло жахливо не так. Третя світова війна вирує, Японська імперія висхідного сонця піднялася на сході, кинувши виклик радянській заявці на світове панування. Тепер виникає тристороння війна між Радянським Союзом, союзниками і новою фракцією Імперії висхідного сонця.
Гра продовжує традиції серії Command & Conquer, де гравець повинен будувати бази і створювати масивні атакуючі сили, щоб знищити всіх ворогів. Гравець може вибрати будь-яку з трьох фракцій, кожна з яких має свій набір піхоти, бронетехніки, літаків, кораблів, а також будівлі з новими технологіями, модернізаціями та всемогутньою суперзброєю. Гравці виконують всі свої будівельні роботи з бічної панелі, це дозволяє їм створювати виробничі черги і розгортати споруди швидко і легко.
Версія для Xbox 360 майже ідентична, але модифікована під управління консолі.