Phantasy Star Universe можна вважати продовженням Phantasy Star Online з геймплеєм hack-and-slash RPG. І знову є дві складові: офлайн і онлайн-контент. В однокористувацькій офлайн-грі 17-річний Ітан Вебер - військовий кадет, якому належить врятувати свою викрадену сестру від таємничої сили під назвою THE SEED. Події та персонажі доповнюють онлайновий ігровий процес. Крім того, у грі є автономний режим, який схожий на онлайн-режим, з можливістю налаштування персонажа.
Онлайн складова
В онлайн MMORPG гравці створюють свого персонажа на основі чотирьох рас: Люди, КАСТИ, Ньюмани і Звірі, з 3 основними класами, які можуть бути змінені в процесі гри. Після досягнення високого рівня з'являється можливість подальшої спеціалізації за допомогою 7 просунутих класів. Налаштування персонажа включає в себе одяг, зачіску, риси обличчя, голос і пропорції тіла.
Сеттінг
Дія гри відбувається в зоряній системі Гурхал, де є три планети для дослідження. Гравці також можуть об'єднуватися в загони і проходити понад двадцять масивних підземель. Можливості пересування з попередньої гри були поліпшені, додано такі поліпшення, як переміщення по горизонталі. Персонажі можуть використовувати різну зброю для кожної руки, а також керовані гравцем транспортні засоби. Для продовження гри потрібна щомісячна плата.