GoldenEye: Rogue Agent - це шутер від першої особи, що складається з восьми рівнів. Гравець може використовувати різні види ручної зброї протягом гри, а також "Золоте око", яке має чотири здібності: МРТ-бачення, що дозволяє гравцеві бачити крізь стіни; ЕМ-злом, що дозволяє гравцеві зламувати електронні системи, машини і зброю ворогів; щит полярності, який відхиляє кулі, що летять; і магнітне поле, що дозволяє гравцеві відправляти ворогів летіти на смерть.
Кожна здібність надається гравцеві в міру проходження гри. Кожна здатність вимагає певної кількості енергії, яка відображається на лічильнику. Після використання здатності лічильник повільно перезаряджається. Існує різноманітна зброя, яку можна зібрати, що дозволяє гравцеві битися з однією одноручною зброєю, володіти двома такими зброями або використовувати потужну дворучну зброю. Вільна рука гравця також може бути використана для метання гранат або захоплення заручників, використовуючи їх як живий щит, щоб ускладнити ворогам потрапляння в гравця.