Історія починається з смертельної сутички Хашірами Сенджу і Мадари Учихи. Кілька років по тому, під час Четвертої Великої війни ніндзя, союзні сили шинобі з починають битися, і Наруто Узумакі дізнається, що лиходій, який очолює Акацукі, - це Оббито Учіха: вважався мертвим кращий друг наставника Наруто, Какаши Хатаке. Обиіто і його напарник, ожилий Мадара Учіха, пробуджують легендарну істоту Десятіхвостого, щоб перемогти сили шинобі. Бунтівний Саске Учіха відчуває незручність через свою ненависть до села Прихованого Ліста і просить оживити лідерів Конохагакуре (Хокаге), щоб дізнатися про походження села. Зрозумівши, що його покійний брат Ітачі Учіха і перший Хокаге, Хашірама, билися, щоб захистити село, незважаючи на ціну, команда Сасуке і ожилі Хокаге допомагають групі Наруто.
Геймплей Ultimate Ninja Storm 4 схожий на геймплей попередніх ігор серії, в якому гравці б'ються один з одним на 3D-аренах. Повернулася функція, якої було з часів оригінальної Ultimate Ninja Storm, - можливість бігати по стінах; гравці можуть боротися з боків (стін) кожної арени. Основною зміною в цій функції є можливість мати у своєму розпорядженні одного персонажа на стіні, а іншого на полі; другий гравець спочатку також переміщався на стіну, щоб зберегти динаміку бою і систему контролю. У грі представлено найбільшу кількість бійців за всю історію серії. До її складу входять 106 бійців з всесвіту "Наруто", включаючи дублікати одних і тих самих персонажів, таких як Наруто (частина 1) і Наруто (режим мудреця шести шляхів). У гру також включені персонажі з фільмів "Останній: Наруто в кіно" (2014 року) і "Борута: Наруто в кіно" (2015).