Ігровий процес у GUNPEY складається з рядів панелей, що здіймаються вгору з нижньої частини екрана, які гравці повинні перевертати і переміщати, щоб з'єднати лінії всередині панелей. Коли лінія досягне ширини екрана, панелі вибухнуть, звільняючи місце для нових. Думайте швидко - гру закінчено, якщо панелі піднімуться до самого верху екрана. Кожна дія гравця змінює музичний супровід гри, так що досвідчені гравці можуть навіть виконати свій власний музичний номер GUNPEY.
Версії для Nintendo DS і PSP підтримують бездротову гру "голова до голови" і безліч ігрових режимів, як-от одиночний екран, подвійний екран, нове правило порушення правил, атака на час та інші, водночас для кожної консолі є свої власні режими і можливості. Наприклад, гравці PSP можуть зібрати до 40 яскравих "скінів" у режимі Challenge Mode, потім "змішати" два скіни одночасно і стати GUNPEY DJ у режимі Double Skin Mode. Тим часом, серед безлічі функцій, доступних у версії для DS, гравці можуть проводити спеціальні атаки, щоб тимчасово порушити гру супротивника, і використовувати звукові набори та Patternizer для створення своїх власних унікальних музичних композицій.