Після невдачі з викраденням братів Маріо в оригінальній грі Yoshi's Island Камек Магікоопа вирішив поставити перед собою більш високу мету. Замість того щоб просто викрасти знаменитих братів, він відправив цілу армію своїх підручних викрадати дітей по всьому світу! На щастя, Маріо вдається уникнути втечі, і він знову потрапляє до рук Йоші. Йоші має перенести Маріо через острів Йоші та врятувати Луїджі й інших дітей.
Зелений герой
Yoshi's Island DS - це продовження гри Yoshi's Island для SNES. У ній гравці керують Йоші, який вирушає до замку Камека, щоб врятувати Луїджі. Йоші може носити на спині малюка Маріо, Персика, DK, Варіо або Боузера - залежно від того, кого несе малюк, Йоші отримує спеціальну здатність; наприклад, Маріо дає змогу Йоші мчати, Персик дає змогу Йоші плавати впродовж тривалого часу, а Варіо притягує монети та інші металеві предмети за допомогою гігантського магніту. Якщо Йоші влучає в противника, з'являється лічильник, який починає повільно відраховувати час до нуля. Якщо він досягне нуля, малюк буде викрадений, а Йоші втратить життя. Йоші може збільшити свій лічильник, збираючи зірки, які є нагородою за розв'язання деяких головоломок і перемогу над певними ворогами.
Йоші та яйця
Ще одна особливість Yoshi's Island DS - можливість кидати яйця, щоб перемогти ворогів. Йоші може з'їсти майже кожного ворога - якщо натиснути кнопку вниз на контрольній панелі, коли Йоші тримає ворога в роті, він перетворить його на яйце. Йоші може кидати свої яйця у ворогів і об'єкти, наприклад, у стіни, щоб зруйнувати їх. Ви навіть можете збирати монети та інші колекційні предмети, кидаючи в них яйце. Нарешті, Йоші може відкидати яйця рикошетом від стін, щоб потрапити в предмети, до яких він інакше не зміг би дотягнутися.
На 100%
Хоча мета кожного рівня - просто дійти до кінця, завзяті геймери прагнутимуть до 100% проходження кожного рівня. Для цього потрібно дійти до кінця кожного рівня з тридцятьма зірками, знайти двадцять червоних монет, захованих серед звичайних монет, і зібрати п'ять кольорів на кожному рівні. У кожному рівні також захована спеціальна "Монета персонажа" - на ній зображений певний малюк, і зібрати її можна лише тоді, коли Йоші тримає цього малюка на спині.