Дія Pokémon Silver відбувається через 3 роки після Red, Blue and Yellow, і переносить користувача в абсолютно новий світ, Йохто. Ігровий процес дуже схожий на попередні ігри, але з деякими поліпшеннями. До них відносяться нові функції для PokéGear гравця, покедекс, який тепер можна сортувати за типом еволюції, і, звичайно ж, нові покемони.
Мета гри знову ж таки полягає в тому, щоб стати чемпіоном-тренером і спробувати заповнити Покедекс. Щоб стати чемпіоном, гравець бореться з Лідерами тренажерного залу, щоб отримати різні значки. Заповнення Покедексу вимагає іншого набору дій і включає в себе захоплення диких покемонів, битви з різними тренерами для отримання грошей, а також торгівлю покемонами з NPC та іншими власниками ігор про покемонів.