Lego DC Super Villains — це перша відеогра LEGO, яка повністю зосереджена на лиходіях Всесвіту DC. Також, на відміну від попередніх ігор, гравці можуть створити персонажа, який буде інтегрований в історію сюжету. У міру просування гравців в грі, нові можливості і настройки будуть розблоковані для використання гравцями. У грі також є багато користувачів режим з двома гравцями.
Ліга Справедливості зникла, залишивши захист Землі своїм колегам з паралельного всесвіту - «Злочинному Синдикату», нової дивною групи супер-героїв-наслідувачів з неясними намірами. Будь то графіті, які розпилюють стіни в Метрополісі або використання токсинів Страху, щоб налякати персонажів в Готемі, у супер-лиходіїв є повне правління, щоб використовувати будь-який трюк в своєму арсеналі, щоб зупинити злий схему Злочинного Синдикату.