Гра Little Nightmares II схожа на свою попередницю; її дія відбувається у 2,5D світі. Гравець повинен досліджувати світ, час від часу стикаючись з ситуаціями, схожими на платформер, або виявляючись заблокованим головоломками, які необхідно вирішити, щоб пройти далі. На відміну від першої гри, гравець не зовсім безпорадний; у Моно є можливість хапати певні предмети і розмахувати ними, щоб ламати предмети або відбиватися від дрібних ворогів, хоча він, як і Сикс, повинен покладатися на скритність і довкілля, щоб відхилитися від більших ворогів. Гравець також може окликнути Сикс і узяти її за руку, щоб переконатися, що вони залишаються разом, і часто повинен працювати разом з нею, щоб вирішити головоломки довкілля, перемогти ворогів або відхилитися від них. У грі також є колекційні капелюхи і глючащие останки, останні з яких розблоковують додаткову сцену, якщо зібрати їх все.
Моно, хлопчик з паперовим пакетом на голові, пробуджується від сну про двері з оком у кінці коридору. Він вирушає в подорож по Дикій місцевості і потрапляє в стару хатину. Він звільняє Шостого, якого тримає в полоні Мисливець в масці, що живе там. Мисливець переслідує пару, поки не заганяє їх в кут, і вони вбивають його з дробовика. Використовуючи двері як пліт, Моно і Сикс перепливають водойму і опиняються у Блідому місті, оповитому туманом і дощем і усипаному старими телевізорами. Упродовж усієї подорожі Моно намагається використати ці телевізори в якості порталів, щоб потрапити в коридор зі свого сну. Проте його завжди витягує назад Шість, перш ніж він устигає дістатися до дверей. Він також зустрічає декілька примарних, глючащих останків дітей, яких він може поглинути, доторкнувшись до них.