Гра Grey's Anatomy: The Video Game заснована на телесеріалі Grey's Anatomy і в основному побудована так само, як і сам серіал. Історія про інфекційний вірус, який вражає лікарню Сіетл Грейс, розділена на п'ять епізодів, епізоди діляться на дії, а дії - на сцени. Кожна сцена зосереджена на одному персонажі та завершується міні-грою.
В основному є два види сцен. Під час розмов гравцеві іноді доводиться обирати між двома варіантами того, як персонажі взаємодіють один з одним. Потім слідує міні-гра, наприклад, розривання фотографії, головоломка, ритмічна послідовність або головоломка з підбором плитки. Операції та лікування також являють собою послідовні міні-ігри, наприклад, дезінфекція шляхом ковзання курсору по екрану, потім розрізання шкіри шляхом проведення прямої лінії і накладення швів шляхом з'єднання точок.