Стародавній полководець самурайський повертається і збирає нову демонічну армію, щоб підкорити світ. Але замість того, щоб наймати ненадійних поплічників, він перетворює невинних тварин на страшних воїнів. Майстер ніндзя помічає, як кожне перетворення порушує баланс природи, викликаючи бурі та землетруси, і вирішує надіслати своїх найкращих учнів-ніндзя, щоб відновити порядок. Коли ніхто з них не повертається, йому залишається останній вибір: молодий ніндзя Хіро та його тупуватий друг Футо. Гравці керують персонажами у різних світах, використовуючи перспективу від третьої особи з відносною свободою дослідження довкілля. Якщо персонаж заблукав, він може медитувати, щоб отримати підказку та побачити стрілку, що вказує напрямок до наступної мети.
По ходу гри вони будуть слідувати за іншими воїнами і врешті-решт звільнять чотирьох із них, щоб зробити їх придатними для гри. Гравець може перемикатися між будь-якими персонажами будь-якої миті. Кожен ніндзя має різні здібності. Хіро - універсал і єдиний ніндзя, який може використовувати заклинання Кудзі. Заклинання, які можна розблокувати, знайшовши і помолившись у прихованих святилищ, включають вогняні кулі, вихори і здатність входити у форму духу, в яку можна вселяти тварин, щоб змусити їх боротися. Вони також полегшують пошук предметів та колекційних предметів у навколишньому середовищі. Тварини замкнені у клітинах, але при поразці ворога вони також з'являються та повертаються у свою первісну форму. Футо має великий молот, який особливо корисний для битви з великими ворогами. Інші персонажі, які стають доступними по ходу гри, - це Судзуме, дівчина з флейтою, яка зачаровує ворогів, коли грає музику, Шун, майстер з луком, Тора, який вважає себе тигром і має великі металеві пазурі, щоб довести це, та акробат Куноїчі з довгим списом.
Персонажі мають базові атаки, а також захист, що дозволяє приголомшувати ворогів і блокувати їх. Акробатичні рухи включають стрибки по стінах, біг по стінах та висіння на уступах. У всіх персонажів є режим підкрадування, в якому вони можуть ховатися в траві або навколишньому середовищі, щоб завдати більшої шкоди при атаці або просто уникнути зіткнення. Здоров'я відновлюється за рахунок збирання фруктів, а в оточенні є колекційні предмети. Коли купуються нові рецепти, ці предмети можна змішувати у зілля, бомби та бонуси. Персонажі підвищують рівень, щоб отримати кращі здібності, і всі вони мають різні фокусні атаки, щоб завдати більшої шкоди.