Naruto Shippuden: Ultimate Ninja 4 – перша гра в серії, яка переходить у сюжетну лінію Shippuden. Нещодавно доданий режим "Master Mode" розповідає оригінальну історію, яка відбувається під час подорожі Наруто з Джірайєю та зосереджена навколо демона на ім'я Чорна Тінь, який потребує людських жертв від навколишнього села. Після того, як цю проблему буде вирішено, режим продовжить звичайну сюжетну арку Shippuden "Казекаге".
Режим "Майстер" включає невеликий, але відкритий ігровий світ, який гравець може дослідити. Наруто може збирати предмети, боротися з ворогами та розмовляти з людьми, щоб просуватися вперед. Однак основне місце у грі Ultimate Ninja, як і раніше, займають бої, які були вдосконалені та розширені в Ultimate Ninja 4. Коли два супротивники стикаються, вони починають серію високошвидкісних атак, з'являючись у вигляді пари розмитих плям, що мелькають по сцені. Переможець визначається у грі, схожій на "Камінь, ножиці, папір". Також додано "Пробуджувальне дзюцу" - техніка, більш потужна, ніж стандартне Ultimate Jutsu, і, як випливає з назви, "приховані здібності персонажа, що пробуджує", які можна використовувати тільки при дотриманні певних умов.