Основний ігровий процес полягає у збиранні предметів та перемозі над роботами, які напали на різні райони Бікіні Боттом, при цьому необхідно долати платформи та уникати небезпек, таких як шипи та полум'я. У деяких областях необхідно перемогти різних персонажів, оскільки кожен з них має свої унікальні здібності. Гравець може керувати Губкою Бобом, Патріком та Сенді. Для перемикання персонажів у консольних версіях потрібно знайти автобусну зупинку, при використанні якої поточний персонаж перемикається на іншого, а при повторному використанні - на попереднього, що дає можливість гравцеві мати двох персонажів на кожному рівні. Персонажем за замовчуванням у грі є Губка Боб; Сенді і Патрік не беруть участь у рівнях як грабельні персонажі.
Гра є тривимірною платформною грою, що вимагає від гравців збору трьох основних типів предметів. Блискучі предмети" є ігровою валютою і можуть бути використані для оплати дорожніх зборів в ігрових зонах або для купівлі золотих шпателів у містера Крабса. Золоті шпателі" використовуються для отримання доступу до нових областей, заховані по всій грі, а також можуть бути зароблені шляхом виконання завдань , поставлених Щупальцем Сквідвардом та деякими іншими персонажами мультфільму. Шкарпетки Патріка також розкидані по всій грі, і він нагородить Губку Боба золотою лопаткою в обмін на 10 його шкарпеток. Губка Боб також може надувати бульбашки, утворюючи різні фігури в якості спеціальних атак/рухів, які можуть бути використані для подальшого просування в грі, і може навчитися двом новим рухам з бульбашками у Баббл Бадді в міру проходження гри.