Syndicate - це перезавантаження франшизи серії стратегій Bullfrog з дев'яностих. На відміну від оригінальних ігор, де основна увага приділялася тактичному управлінню командою стрільців, ця версія - шутер від першої особи, встановлений у тому ж Всесвіті, але без елементів стратегії.
Гра відбувається в 2069 році у світі, яким керують синдикати після винаходу імплантату нейронного чіпа, який надає користувачам прямий доступ до мережі обміну даними без використання електронних пристроїв. Завдяки цій технічній революції світ був розділений між чипованими та нечіпованими людьми, де останні відмовляються та виступають проти просування. Також існує напруга між різними синдикатами з великою кількістю корпоративного шпигунства. Синдикати борються з ним, використовуючи біоінженерні агенти, які забезпечуються чіпами. Вони захищають інтелект власного синдикату і намагаються проникнути в інших. Гравці приймають командування Майлза Кіло, агента синдикату Єврокорпу. Він має новий прототип мікросхеми і відправляється на місію для перевірки здібностей. Події цієї першої місії дали початок сюжету до кінця гри, наповненого шпигунством, зрадою, жорстокими вбивствами та опозицією мирних цивільних осіб, яких вважають терористами.