Far Cry 3 - це відкритий світовий шутер від першої особи, дія котрого видбувається на вигаданому архіпелазі Рук у Тихому океані. Незважаючи на те, що тропічна обстановка нагадує оригінальну Far Cry, сам геймплей ближче до Far Cry 2, оскільки дослідження відкритого світу доповнюється рольовими елементами з очками досвіду, майстерністю, торгівлею, полюванням та трьома деревами навичок.
Головний герой - Джейсон Броуді, сміливець, який перебуває на відпочинку в Тихому океані зі своїми друзями. Коли вони здійснюють стрибок з парашутом, вони висаджуються на острів, який контролюється піратами. Усі вони потрапляють у полон до воєначальника піратів Вааса, а його старшого брата Гранта вбивають при спробі втекти. Ваас саркастично дає Джейсону можливість втекти 30 секунд, перш ніж той полює на нього. Попри всі шанси, Джейсону це вдається, стрибнувши у воду. Його рятує Денніс Роджерс, який знайомить його з Ракят, місцевим племенем, яке сподівається позбавити острів від піратів. Під час пошуків тих, хто залишився в живих, Джейсон буде введений у містику племені, відкриє оточення і вистежить Вааса. Однак після вступу гравець може вільно залишити основний квест і відкрити острови у своєму власному темпі та на дозвіллі, оскільки вся ігрова зона доступна відразу.