Заснована на рушії Mortal Kombat: Deadly Alliance, гравцям знову доведеться битися, щоб зупинити нову загрозу в шостій частині серії файтинга. Повернулися стандартні режими Arcade, Versus і Practice, а також нові предмети, які можна знайти в Крипті. Крім того, з'явилися нові режими Konquest Adventure, Chess Kombat і Puzzle Kombat, що дають гравцеві нові міні-ігри.
На початку гри можна вибрати десяток бійців Mortal Kombat, серед яких є як старі улюбленці, так і загадкові новачки. Давні шанувальники серії впізнають ветеранів самих ранніх ігор Mortal Kombat, таких як Sub-Zero, Scorpion, Kabal, Baraka, Mileena, Ermac і Nightwolf, до яких приєднуються відносні новачки, такі як Bo'Rai Cho, який дебютував в Deadly Alliance. У грі також представлені дев'ять нових бійців: Ашра, Дайру, Дарріус, Хавік, Хотару, Кіра, Шуджінко, Онага і Кобра, кожен з яких володіє зовсім новим стилем бою, покликаним врівноважити смертоносні здібності інших персонажів.
Версії для Playstation 2 і Xbox пропонують змагальну гру по мережі проти інших гравців. Версія для Gamecube не включає мережеву гру, але пропонує Горо і Шао Кана в якості ексклюзивних іграбельних персонажів.