Far Cry 3 - це шутер від першої особи з відкритим світом, дія якого відбувається на вигаданому архіпелазі Рук у Тихому океані. Незважаючи на те, що тропічний сеттинг нагадує оригінальний Far Cry, сам ігровий процес ближчий до Far Cry 2, оскільки дослідження відкритого світу доповнене рольовими елементами з очками досвіду, ремеслом, торгівлею, полюванням і трьома деревами навичок.
Головний герой - Джейсон Броді, шибайголова, який разом зі своїми двома братами та друзями проводить відпустку в Тихому океані. Під час стрибка з парашутом вони потрапляють на острів, який контролюють пірати. Усі вони потрапляють у полон до піратського воєначальника Вааса, а його старший брат Грант гине під час спроби втечі. Ваас із сарказмом дає Джейсону 30 секунд на втечу, перш ніж вистежити його. Попри все Джейсону вдається стрибнути у воду. Його рятує Денніс Роджерс, який знайомить його з ракіатами - місцевим племенем, яке сподівається позбавити острів від піратів. Під час пошуків людей, що залишилися живими, Джейсон буде посвячений у містику племені, вивчить навколишнє середовище і вистежить Вааса. Однак після вступу гравець вільний залишити основний квест і досліджувати острови у своєму темпі та вільний час, оскільки вся ігрова зона доступна відразу ж.
Архіпелаг Човен - це небезпечне середовище, наповнене піратськими поселеннями та місцевими тваринами, такими як тигри, ведмеді, акули, дракони комодо, кабани, цапи, змії, скажені собаки тощо. Вона розділена на різні секції, які розкриваються поступово, щойно в секторі буде захоплена радіовежа. Вони показують усе оточення і відкривають квести, але ділянки можна пройти і без докладної карти. У грі є різні сховища, якими можна подорожувати та обмінювати здобич в універсальних торгових автоматах. Гравці можуть вбивати піратів, виконувати квести, а також збирати рослини та полювати на тварин заради їхньої шкури. Гроші обмінюються на зброю, модифікації та такі предмети, як шприци, але ремесло також відіграє важливу роль. Відкривши рецепти, можна перетворити рослини на рідини, які вводяться для посилення здібностей. Крім того, шкури тварин використовуються для виготовлення предметів, які розширюють збройовий пояс Джейсона до чотирьох слотів, надають більший гаманець для зберігання грошей, збільшують пояс із боєприпасами та багато іншого. Виконання завдань і вбивство піратів винагороджується очками навичок, які використовуються на одному з трьох доступних дерев навичок. Вони визначають стиль гри: Чапля займається мобільністю і дальніми атаками, Павук - скритністю і виживанням, а Акула - нападом і лікуванням. За кожну набуту навичку Джейсон отримує татуювання на руку.
Незважаючи на те, що це шутер із кулеметами, автоматами, ручною зброєю, луками, вогнеметами, мінами, РПГ і гранатами, майже всю гру можна пройти в прихованому режимі. Джейсон може присідати і ховатися в листі, щоб залишатися непоміченим. Лічильник показує, наскільки він помітний для супротивників. Підкравшись до них, можна провести потайне захоплення за допомогою ножа і потягти тіла. Він також може кидати каміння або використовувати звуки, щоб ізолювати піратів. Його камера використовується для наближення і позначення супротивників. Після того як вони позначені, вони залишаються видимими через контур, навіть якщо на шляху стоять стіни або предмети, що допомагає відстежувати пересування. Те ж саме можна зробити і з тваринами. Пересуватися можна пішки, але є й різноманітні транспортні засоби, такі як автомобілі, джипи, квадроцикли, човни, гідроцикли та параплани, а також зіп-лінії та плавання для швидшого пересування.