Ratchet and Clank: Into the Nexus - це шутер від третьої особи з елементами головоломки. Коротший за попередні назви серії, він задуманий як епілог до підсерії "Майбутнє" ("Інструменти знищення", "Пошуки видобутку" та "Тріщина у часі"). Гру також можна використовувати разом із програмою Before the Nexus.
Після втечі горезвісного злочинця на ім'я Вендра Прог із в'язниці, якому допоміг її брат-близнюк Нефтін, Ратчет і Кланк виявили, що Близнюки створили власного Вимірника. Роблячи це, Близнюки привели істот через портал під назвою Nethers, контрольований лідером на ім'я Містер Око.
У грі гравець головним чином контролює Ratchet, використовуючи безліч зброї та пристосувань, звичних для серії, а також деякі новіші. Рейчету допомагає в його русі Кланк, використовуючи Heli Pack, щоб просунутися вперед або безпечно зависнути на землю. Пізніше його можна оновити до Jetpack.
У певних частинах гри гравець бере під свій контроль Кланка під час бічних скролерів подорожі Нетерверс. У цих розділах Кланк повинен маніпулювати силою тяжіння та розгадувати головоломки, щоб повернути Нідер на портал, щоб викликати "землетрус" і зруйнувати бар'єр, що перешкоджає шляху дуету.
Трещотка піднімається вгору, коли він перемагає ворогів і набирає більше очок здоров’я. Зброю можна модернізувати звичайним використанням (автоматичний збір наномітів у полеглих ворогів) та використанням рарітанію (рідкісного мінералу, що зустрічається у Всесвіті). Оновлені костюми броні (які можна придбати у продавців), очки навичок, чіти та золоті болти повернулися з попередніх ігор.