FIFA Soccer 06 - це друга поява серії на PSP, лише через півроку після попередньої гри. Вона включає в себе більшість режимів попередньої гри (скорочений вибір тих з консольних версій), одночасно оновлюючи команди та списки, переглядаючи елементи керування та додаючи кілька нових функцій, включаючи ексклюзивну міні-гру.
У гру входять команди з 25 ліг з 18 країн, а також різні команди з решти світу та 40 міжнародних команд. Ігрові режими включають опцію "Відтворити зараз" для товариських та сезонних та турнірних ігор (кожен з яких можна налаштувати). Виклики, довгий час основний портативний запис у серії, також повертаються, із 20 поверненнями та 20 викликами із сезону 2004-2005, завершення яких розблоковує спеціальний редактор викликів. На додаток до режиму ad hoc, що повертається, додано багатокористувацьку інфраструктуру.
Ексклюзивна міні-гра називається жонглювання. Вибираючи одного з включених ліцензованих гравців, мета - утримати м’яч у повітрі, відбиваючи його на ногах і голові. Гра ведеться, тримаючи PSP вбік, щоб гравець був на виду. Піктограма вказує, яку з кнопок напрямку потрібно натискати, поки кулька знаходиться в центрі піктограми. Гра проводиться на високий бал, а вищі рівні гри збільшують складність.
Елементи управління під час звичайного ігрового процесу були вдосконалені. Зокрема, елементи керування First Touch та Freestyle більше не відображаються на напрямній панелі, а на аналоговій палиці з кнопкою плеча як модифікатором.