Mario Party: The Top 100 содержит 100 мини-игр, которые ранее были представлены в предыдущих играх серии Mario Party, все они взяты из игр для домашней консоли. Большинство мини-игр были визуально обновлены по сравнению с оригиналами. Несколько мини-игр, появившихся в играх Mario Party для Wii, были переработаны для правильного функционирования на Nintendo 3DS, где отсутствует управление движениями Wii.
В игре есть несколько режимов игры; в Minigame Match игроки по очереди перемещаются по одному игровому полю, цель - собрать наибольшее количество монет и звезд, как в предыдущих играх Mario Party. Остров мини-игр состоит из прохождения заранее выбранных мини-игр для продвижения по линейному пути.
В игре также есть режим свободной игры, в котором игрок может выбирать, в какие мини-игры играть. 41 из 100 мини-игр игры должны быть разблокированы, если сначала пройти Minigame Island. Игра поддерживает многопользовательскую игру для четырех игроков, либо с помощью отдельных копий игры, либо через загружаемую игру на 3DS, при этом только один игрок должен иметь копию игры.