Через пятнадцать лет после событий, произошедших с инопланетянином Ридли Скотта, дочь Эллен Рипли Аманда ищет ответы. Она работает инженером в Weiland-Yutani Corporation. Когда она узнает, что журналы USCSS Nostromo были обнаружены и доставлены на космическую станцию Севастополь, она решает присоединиться к небольшой команде, посланной Вейланд-Ютани для получения данных. Мало ли она знает, что корабль, нашедший бревна, достиг Севастополя с ужасным пассажиром на борту, который убил большую часть населения станции и заставил выживших съежиться от страха.
Alien: Isolation - игра ужасов на выживание. Он установлен на космической станции Севастополь, где Аманда ищет журналы USCSS Nostromo. Севастополь разделен на множество областей, и игроку предоставляется определенная степень свободы: в областях может быть несколько альтернативных маршрутов к цели, скрытые комнаты и вентиляционные шахты; также Аманда может (а позже и должна) вернуться обратно через станцию. По мере прохождения игры инструменты Аманды будут обновляться, и она сможет получить доступ к ранее недоступным областям.
Аманда - инженер, поэтому она может грабить контейнеры и тела в поисках ресурсов и создавать устройства, такие как шумоглушители, дымовые шашки или коктейли Молотова, которые в основном используются для отвлечения врага. Позже она приобретает фонарик, детектор движения и несколько видов оружия, чтобы защитить себя от гуманоидных врагов (групп враждебных выживших или андроидов). Однако Аманда не боец, и каждую встречу следует тщательно планировать. Многие действия требуют времени, например, чтобы использовать аптечку, Аманде нужно стоять неподвижно.
Когда Аманда привлекает внимание инопланетянина, скрытность - единственный способ выжить. Инопланетянину нельзя навредить, и он убивает Аманду одним ударом. В большинстве случаев он не следует заранее определенному сценарию, а вместо этого полагается на свои чувства, чтобы выследить Аманду.
В дополнение к основному сюжетному режиму есть режим Survivor, в котором игроку нужно сбежать со специально разработанной карты, выполняя второстепенные задачи по пути, в то время как инопланетянин агрессивно преследует его. Этот режим включает в себя онлайн-таблицы лидеров.