Рю Хаябуса возвращается в сиквеле популярного продолжения франшизы Ninja Gaiden. Рю вступает в гонку со временем, чтобы отомстить за свой клан против клана ниндзя Черного Паука, чтобы предотвратить воскрешение Архфиенды и уничтожение человеческой расы.
В его распоряжении новые способности и игровые возможности, включая автоисцеление, совершенно новую боевую систему, требующую владения полным арсеналом оружия, а также усовершенствования оружия из предыдущей игры. Бои стали еще более кровавыми, чем прежде, поскольку Рю может ампутировать конечности своим противникам (что может сделать их еще более опасными) или добить их приемом уничтожения. Начиная с приемов низкого уровня, можно приобретать и совершенствовать новые способности и оружие. Как и в предыдущей игре, побеждая врагов, Рю поглощает эссенции, которые восстанавливают ки или дают деньги. Их также можно специально использовать для нанесения более мощных ударов. Несмотря на то, что бои проходят в суматохе, они требуют от игрока стратегического подхода, смешанного с заблокированными позициями и уходом в сторону.
В Ninja Gaiden II также имеется новая система точек сохранения, различные уровни сложности, таблицы лидеров для демонстрации комбо-атак и высоких результатов, а также функция повтора, которую можно использовать и загружать в Интернет для демонстрации боевых приемов игрока. В игре четыре уровня сложности, а сюжет развивается с помощью эпизодических сцен. Есть также небольшие головоломки, связанные с поиском путей или ключей.