После того как Джон Ваттик очнулся в медицинском учреждении строгого режима, не помня, как он туда попал, его память медленно возвращается через серию игровых флэшбэков к его дням, когда он был гражданским советником в военной операции в Сибири. В прошлом он работал с группой солдат под названием WinterICE, пытаясь найти пожилого ученого, который проводил исследования экстрасенсорных способностей. В настоящем Джон пытается собрать воедино то, что он помнит, и найти членов WinterICE в надежде очистить свое имя, выяснить, что произошло на самом деле, и узнать, как у него самого появились экстрасенсорные способности.
Second Sight - это 3D-шутер с элементами стелса. Игрок в основном управляет Джоном от третьего лица, хотя при определенных обстоятельствах можно переключиться на вид от первого лица. В ходе игры игрок получает возможность использовать телекинез, исцеление, очарование, проекцию, способности одержимости и два вида психической атаки, а также разнообразное оружие. В большинстве ситуаций можно действовать скрытно, бездумным насилием, экстрасенсорными способностями или их комбинацией.