В 2007 году неустановленная группа террористов атакует ряд высокопоставленных целей, начиная с саммита G8 в Швейцарии и заканчивая венесуэльским нефтеперерабатывающим заводом в Карибском море. Их требования явно направлены на срыв торговли нефтью между США и Венесуэлой. Войдите в состав ветерана международного антитеррористического подразделения Team Rainbow, который должен остановить террористов и выяснить, кто стоит за атаками.
Rainbow Six 3 — новинка долгоиграющей серии, разработанной специально для консолей. Он избавляется от тяжелой стратегии и элементов планирования, которыми серия была известна на ПК, и предлагает опыт, более ориентированный на действие от первого лица. В игре 14 однопользовательских уровней (15 в версиях для PS2 и GameCube). В каждом игрок управляет Доминго «Динг» Чавесом, который возглавляет команду из трех других оперативников Rainbow. Цели каждой миссии включают уничтожение террористов, обезвреживание бомб и защиту заложников. Товарищи по отряду Дина будут действовать самостоятельно, поддерживая миссию, но им также можно отдавать конкретные приказы через контекстно-зависимое меню: удерживать позицию, продвигаться, зачищать комнату или обезвреживать бомбу. Также можно отдавать отложенные приказы, которые выполняются только после подачи специального сигнала. В версии для Xbox реализовано распознавание голоса: командные приказы можно отдавать через гарнитуру.
Перед каждой миссией каждый член отряда должен быть экипирован основным и дополнительным оружием, а также дополнительным снаряжением. Доступно более двух десятков реалистичных видов огнестрельного оружия, а также различные виды гранат (метаемые вручную или выстреливаемые из гранатомета), заряды и мины, а также противогаз. Тепловое и ночное видение всегда доступны и не требуют специального оборудования.