Splinter Cell - это экшен от третьего лица с упором на скрытность, похожий на серию Metal Gear Solid. Игрок берет на себя роль Сэма Фишера, оперативника секретной организации NSA Black Operation, входящей в состав правительства США. Организация занимается очень секретными заданиями, которые часто выполняются отколовшимся подразделением "Третьего эшелона", в которое входит Фишер. Его миссии настолько секретны, что если его схватят, правительство будет отрицать существование этой организации.
Чтобы передвигаться и достигать своих целей, Фишер использует различные приемы. Он может ходить, бегать, приседать, прыгать, спускаться по канату, перемещаться по горизонтальным проводам, застегиваться на молнию и совершать прыжки с разбега. Есть разные подходы к уничтожению врагов. Он может использовать оружие, но шум может насторожить охранников, а это, как правило, усложняет выполнение миссий. Противников можно оглушить, убить или подчинить себе. Фишер может, например, спрыгнуть с потолка и сбить противника с ног. Некоторые враги нужны для активации двери или пароля. Поэтому врагов можно взять в заложники, приставив пистолет к их голове. Их также можно допрашивать или использовать в качестве живого щита.
Среди других особенностей - возможность заглянуть в дверь, прежде чем пройти через нее, или использовать камеру на оптическом кабеле ("змеиную" камеру), чтобы заглянуть под землю и проверить, что там впереди. Поскольку основной упор делается на скрытность, количество оружия довольно невелико. Есть штурмовая винтовка FN F2000, на которую можно установить глушитель и другие модификации, и пистолет FN Five-Seven с подавлением. Патроны ограничены, а дополнительные пули - дефицит. Игрокам предлагается избегать опасности, пробираясь через тени и прячась за предметами. Фишер имеет доступ к светомеру, чтобы проверить, насколько он заметен, и к приборам ночного видения, а также к тепловым очкам, чтобы видеть в темноте и различать цвета. Среди оружия - кольцевые аэродинамические снаряды, газовые гранаты и липкие шокеры.