В первом приключении Сэма Фишера из отколовшейся ячейки нового поколения его постигает трагедия. Вскоре после этого жизнь Сэма рушится вокруг него. Он все больше отдаляется от Третьего эшелона. Доходит до того, что его даже арестовывают.
Но все это - часть плана. Сэм Фишер теперь двойной агент, работающий как на АНБ, так и на террористическую организацию, известную как JBA, или Армия Джона Брауна. Сэм по большей части остается хорошим парнем. Но останется ли он таким? Сделает ли Сэм доброе дело для АНБ и привлечет организацию к ответственности, или же соблазн террористической группировки одолеет Сэма?
Выбор, который вы сделаете, повлияет на этот исход. Моральные вопросы будут всплывать в разных местах на протяжении всей игры. Застрелите ли вы заключенного, чтобы завоевать доверие JBA, или воздержитесь, чтобы АНБ было на вашей стороне? Какой бы исход вы ни выбрали, доверие к одному из них будет падать, а к другому - расти. Эта система доверия - новое дополнение к Double Agent.
По мере прохождения десяти миссий вашими лучшими друзьями станут тень и тишина. Вы можете пойти в бой с оружием наперевес, но далеко не уйдете. Как мастеру шпионажа, Сэму придется обходить ящики и стены, прятаться под машинами и столами, пробираться через особо охраняемые зоны и обходить электронные, дактилоскопические, голосовые и сетчаточные замки. Вы должны допрашивать или взламывать, чтобы получить коды и комбинации, и у вас есть выбор: сбить врага с ног или убить его. Когда вы висите на перилах, вы можете позволить вражескому охраннику пройти мимо, или подтянуться, схватить его и бросить на смерть. Ваше лучшее оружие - это рот. Заманите врага к себе свистом, а затем подкрадитесь к нему, когда он бросит свой патруль, чтобы найти источник шума. Ваше настраиваемое оружие - это действительно запасной вариант.