В 2012 году, казалось бы, обычного бармена по имени Десмонд Майлз похищает таинственная организация. Похитители прикрепляют Десмонда к странному устройству под названием «Анимус», которое позволяет ему получить доступ к памяти своего предка, убийцы по имени Альтаир. По какой-то причине похитителям жизненно важно восстановить воспоминания Альтаира.
Получив доступ к памяти Альтаира, Десмонд может пережить события, которые произошли на Святой Земле в 1191 году, во время Третьего крестового похода. Аль-Муалим, лидер убийц, приказывает Альтаиру убить девять выдающихся исторических личностей, которые предположительно позволили войне и коррупции захватить Святую Землю.
На протяжении большей части игры игрок контролирует Альтаир; однако ясно указано, что управление им - часть опыта Десмонда. Игрок также может управлять Десмондом между его сессиями в «Анимусе».
Самая инновационная особенность игры - это свобода выбора и передвижения. Каждая архитектурная деталь, такая как подоконники, резьба по камню или деревянные решетки, может быть использована для перемещения по стенам. Это позволяет игроку иметь интенсивные сцены погони, если случайно за вами охотится охранник.
Есть несколько способов достичь своей цели в игре. Используя подслушивание, допрос и карманные кражи, вы можете узнать информацию о своей следующей цели. Затем вы можете использовать эту информацию, чтобы выбрать, будете ли вы атаковать цели полным фронтальным ударом или правильно размещенным метательным ножом из-под укрытия крыш.
В зависимости от вашего выбора, вам придется иметь дело с горожанами и рыцарями городов, которые с подозрением относятся к скрытому человеку, гадающему на крышах или рядом с целями миссии. Есть несколько ситуаций, когда вы можете сливаться с толпой, если повезет, вы можете убить свою цель, и никто не смотрит в вашу сторону. У Альтаира небольшой, но эффективный арсенал оружия, такого как мечи и метательные ножи, и он может изучить новые боевые навыки, которые помогут ему в его миссии.