Far Cry 3 - это шутер от первого лица в открытом мире, действие которого происходит на вымышленном архипелаге Ладья в Тихом океане. Несмотря на то, что тропическая обстановка напоминает оригинальный Far Cry, сам игровой процесс ближе к Far Cry 2, поскольку исследование открытого мира дополняется элементами ролевой игры с очками опыта, ремеслом, торговлей, охотой и тремя деревьями навыков.
Главный герой - Джейсон Броуди, смельчак, который отдыхает на Тихом океане со своими двумя братьями и друзьями. Когда они совершают прыжки с парашютом, они приземляются на острове, который контролируется пиратами. Все они взяты в плен пиратским военачальником Ваасом, а его старший брат Грант убит при попытке к бегству. Ваас саркастически дает Джейсону возможность в 30 секунд сбежать, прежде чем тот выследит его. Несмотря ни на что, Джейсону удается прыгнуть в воду. Его спасает Деннис Роджерс, который знакомит его с Ракьятом, местным племенем, которое надеется избавить остров от пиратов. Во время поиска оставшихся в живых Джейсон погрузится в мистику племени, откроет для себя окружающую среду и выследит Вааса. Однако после введения игрок в значительной степени может свободно оставить основной квест и исследовать острова в своем собственном темпе и на досуге, так как вся игровая область доступна сразу.