F.3.A.R. (или F.E.A.R.3) начинается с введения, объясняющего события предыдущих игр. Антагонист первой игры, Пакстон Феттель, освобождает Пойнтмена из приюта, где он был допрошен службой безопасности Армахема. Вместе с Феттелом игроку поручено найти другого оперативника Джин Сун-Квон и раскрыть правду об Альме и злой корпорации Армахем, которая ее создала. История также может быть воспроизведена в кооперативном режиме, который позволяет второму игроку играть за Феттела и использовать экстрасенсорные способности, чтобы сражаться вместе с другим игроком.
Игроку необходимо использовать несколько видов оружия, от пистолетов до ракетных установок, чтобы отбиваться от вражеских солдат, монстров и враждебных сект, которые раньше были жителями города. Как и в других F.E.A.R. В играх игрок может использовать свои психические способности, которые замедляют все вокруг него, поэтому он может стрелять по врагам без того, чтобы они вели ответный огонь. Новая возможность для игрока - спрятаться за укрытием и дождаться возможности стрелять по врагам. Еще одна возвращающаяся функция - это эпизоды, когда игрок крадет боевого робота и может истреблять врагов ракетами, пока они безнадежно стреляют по нему или ей.