LEGO Star Wars III: The Clone Wars основан на мультсериале «Звездные войны: Войны клонов». Как обычно, игра заново рассказывает сцены из оригинала, заменяя все и вся на кубики LEGO. Это также приносит в игру юмор, в основном фарс и часто основанный на том, что конструкции LEGO хрупкие.
Как и предыдущие версии, эта игра построена на трех совместных кампаниях. Игроки выбирают одного из множества персонажей «Звездных войн» для прохождения уровней. Они состоят из множества боевых боев, платформеров и некоторых головоломок, требующих сотрудничества двух персонажей. В игру можно играть в одиночку, ИИ берет на себя второго персонажа.
В дополнение к пешим миссиям есть последовательности транспортных средств, в которых игроки берут на себя управление шагоходами или танками. Но в игре также представлен новый тип миссий, в котором используются элементы стратегии в реальном времени. В этих миссиях игроки оказываются на карте и должны захватить все вражеские базы, но, к сожалению, многие из них защищены. Чтобы разрушить эту оборону, игрокам нужен доступ к специальному оружию или юнитам, которые нужно произвести в первую очередь. Конечно, для этого нужны производственные здания. Они могут быть построены на уже завоеванных базах. Многопользовательский аркадный режим основан на этом типе миссий.