Товарищи по команде ниндзя Наруто Узумаки и Сакура Харуно воссоединились после двух с половиной лет тренировок с целью вернуть своего друга Саске Учиха, который сбежал из их деревни, чтобы выследить своего брата. Однако на пути к Саске молодые ниндзя и их друзья сталкиваются с множеством препятствий, когда им приходится сталкиваться с преступной организацией: Акацуки, частью которых является Итачи Учиха. Состоящие из девяти преступных ниндзя под предводительством Пейна, Акацуки поставили своей целью завоевать мировое господство, захватив многочисленных хвостатых зверей у джинчуурики, людей, которые держат зверей запечатанными внутри них. Одним из них оказался Наруто, владелец Девятихвостого Демона Лиса, что делает его основной целью организации. Тем временем Саске формирует команду способных ниндзя, чтобы выследить и убить своего брата Итачи.
Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2 - игра, основанная на аниме Naruto: Shippuden, включающая девять глав, которые охватывают историю с первого по 175-й эпизод. История развивается через серию индивидуальных или командных сражений. Сражения ведутся между ниндзя, которые заряжают чакру для выполнения атакующего дзюцу. Предметы можно использовать в бою, предварительно установив их на одну из кнопок направления. Персонажи поддержки могут быть призваны выполнять дзюцу, подпадая под три категории: защита, атака и баланс. Привод поддержки создается после достаточного количества вызовов персонажей поддержки, и в этом случае может быть выполнено командное ультимативное дзюцу, потребляющее большое количество чакры персонажа игрока и причиняющее большой урон противнику в процессе. В дополнение к сражениям есть сегмент свободного передвижения, где персонаж игрока может перемещаться между точными представлениями различных локаций, показанных в аниме, выполнять побочные квесты, собирать материалы и покупать предметы в магазинах.