Warrior Within, как и ее предшественница, является 3D-платформером, в центре которого - исследование и рукопашный бой. Дизайн уровней вращается вокруг навигации по коварному окружению с помощью паркура и движений в стиле фрираннинга. В отличие от Sands of Time, игровой мир очень нелинеен; игрок часто возвращается в уже посещенные места по несколько раз с разных сторон, часто пересекая временные порталы, чтобы посетить одни и те же места в настоящем и прошлом, чтобы найти пути обхода препятствий, которые были бы непроходимы в любом из этих времен. Можно найти и исследовать секретные области, чтобы получить дополнительные очки здоровья и уникальное оружие. Кульминацией становится обнаружение оружия, способного нанести урон Дахаке, что открывает каноническую концовку игры. Помимо обычных платформеров, в игре есть эпизоды, в которых принца преследует Дахака, и он должен быстро пройти по коридорам с ловушками, чтобы спастись. Атмосфера игры отличается более темной и мрачной тематикой, в отличие от красочной палитры предыдущей игры.
Спустя семь лет после событий "Песков времени", после того, как он отменил разрушительный выброс Песков во дворце Азада, за принцем начинает охотиться существо по имени Дахака, поскольку принцу было суждено умереть после выброса Песков. Обратившись за советом к мудрецу, принц узнает, что Пески были созданы на далеком острове Императрицей Времени. Несмотря на предупреждения мудреца о том, что судьбу изменить нельзя, принц решает отправиться на остров и предотвратить создание Песков. На корабль принца нападает Шахди, слуга императрицы, но он выживает и попадает на остров. Он преследует Шахди в руинах и следует за ней через временной портал в прошлое, убивая ее в бою после того, как обнаруживает, что она напала на другую женщину - Кайлину. Несмотря на то, что принц считает свои усилия тщетными, Кайлина помогает ему получить доступ в тронный зал императрицы. Во время его попыток его преследует существо, называемое Песчаным Рейфом, которого ловит и убивает Дахака. Перед тем как встретиться с императрицей, принц предлагает Кайлине отправиться в Вавилон, но она неохотно отказывается.