Інопланетянин Червоний Сокіл повернувся і планує захопити планету Земля. Тепер Скорпіону і Скаженому Псу належить пройти п'ять рівнів і врятувати планету.
Геймплей
Як і в оригінальній Contra, у грі можуть одночасно брати участь до двох гравців. Лівий гравець керує Біллом (у цій частині гри він одягнений у зелене), а правий - Лансом (він одягнений у фіолетове). Гра зберегла формат сайд-скролінгу з попередньої гри, відмовившись тільки від псевдо-3D і фіксованих сегментів екрана. Замість цього в Super Contra є вертикально прокручувані етапи з видом зверху, в яких гравець може рухатися у восьми напрямках. Управління в основному залишається таким самим, як і в бічній прокрутці, з тією лише різницею, що тепер гравець може контролювати висоту стрибка, утримуючи джойстик вгору або вниз під час натискання кнопки стрибка.
Гравець може замінити свій стандартний пістолет на одну з чотирьох можливих озброєнь, знищуючи літаючі капсули з предметами, які з'являються на кожному етапі. Серед доступної зброї - кулемет, пістолет-кулемет, бомбомет і лазерний пістолет. Цього разу зброю можна покращувати, збираючи один і той самий заряд два рази поспіль, що призводить до збільшення руйнівної сили. У Super Contra бонуси представлені справжніми гарматами, якими володіє персонаж гравця, а не значками з літерами у формі сокола з попередньої гри. На верхніх етапах гравець також може підібрати предмет "гіперснаряд", що знищує всіх ворогів на екрані, який можна запустити в будь-який момент на цих етапах, натиснувши кнопку стрибка. Гравець може зберігати більше одного гіперснаряду одночасно, і їхня кількість переноситься між етапами гри.