Инопланетянин Красный Сокол вернулся и планирует захватить планету Земля. Теперь Скорпиону и Бешеному Псу предстоит пройти пять уровней и спасти планету.
Геймплей
Как и в оригинальной Contra, в игре могут одновременно участвовать до двух игроков. Левый игрок управляет Биллом (в этой части игры он одет в зеленое), а правый - Лансом (он одет в фиолетовое). Игра сохранила формат сайд-скроллинга из предыдущей игры, отказавшись только от псевдо-3D и фиксированных сегментов экрана. Вместо этого в Super Contra есть вертикально прокручивающиеся этапы с видом сверху, в которых игрок может двигаться в восьми направлениях. Управление в основном остается таким же, как и в боковой прокрутке, с той лишь разницей, что теперь игрок может контролировать высоту прыжка, удерживая джойстик вверх или вниз при нажатии кнопки прыжка.
Игрок может заменить свой стандартный пистолет на одно из четырех возможных оружий, уничтожая летающие капсулы с предметами, которые появляются на каждом этапе. Среди доступного оружия - пулемет, пистолет-пулемет, бомбомет и лазерный пистолет. На этот раз оружие можно улучшать, собирая один и тот же заряд два раза подряд, что приводит к увеличению разрушительной силы. В Super Contra бонусы представлены настоящими пушками, которыми владеет персонаж игрока, а не значками с буквами в форме сокола из предыдущей игры. На верхних этапах игрок также может подобрать предмет "гиперснаряд", уничтожающий всех врагов на экране, который можно запустить в любой момент на этих этапах, нажав кнопку прыжка. Игрок может хранить более одного гиперснаряда одновременно, и их количество переносится между этапами игры.