З одночасною поразкою Дарксейда і Шао Кана у їхніх всесвітах, нещасний випадок на порталі створив нову сутність, яка є більш злою та потужнішою, що втілює найгірше з обох світів: Темний Кан.
Темний Кан прагне об’єднати всесвіт DC та всесвіт Mortal Kombat в одну реальність, змушуючи героя та негідника утворювати малоймовірні союзи, щоб тримати їх реалії окремими, перш ніж їх поглине "The Rage", сила, яка змушує людину програвати їх розум і поглинається їх агресією.
У цій аркадній бойовій грі і всесвіт DC, і Mortal Kombat представлені по 10 чемпіонами та одним персонажем "боса" на загальну кількість 22 бійців. Гра схожа на ігри 2D Mortal Kombat (з деякими 3D-елементами), зосереджуючись більше на особливому аспекті руху, ніж на складних комбо, знайдених у попередніх трьох іграх (Смертельний Альянс, Обман, Армагеддон).