Після того, як вони провели свою громадянську війну на своєму рідному світі, який називається Строггос, Строгг вирушив у космос, щоб завоювати інші планети та вивчити інші раси, щоб інтегрувати їх у свій власний. У 2060 році вони потрапляють у космос над наступною ціллю: Землею. Глобальні сили оборони (GDF) повністю вражені нападом цієї високорозвиненої сили, але вони не здаються і борються за своє виживання. Врешті-решт Земля потрапить до рук Строгга, і події, що призвели до початку Quake II, розгорнуться, але до того часу ви будете важливою частиною цієї останньої битви за контроль над планетою!
Як спадкоємець Wolfenstein: Enemy Territory, Quake Wars зосереджується на цільовому геймплеї, а не просто на захопленні прапорів, як у серії Battlefield. Це означає, що на кожній карті одна команда повинна виконати мету, тоді як інша повинна її захистити. Наприклад, на карті "Долина" GDF потрібно побудувати міст, потім проїхати MCP через міст до сусідньої застави, зламати щит Strogg, щоб MCP міг випустити ракету в базу Strogg, щоб GDF міг увійти в нього і знищити генератор.
Щоб зробити це ще більш складним, більшість завдань потрібно виконати певним класом. З кожного боку є п’ять класів, і кожен клас має особливі здібності. Наприклад, інженер може побудувати міст на Долині, відремонтувати пошкоджені машини або розгорнути особисті дані, тоді як Field Ops підтримує своїх товаришів по команді, роздаючи зброю та застосовуючи артилерійські системи. Оскільки всі карти досить великі, ви також маєте доступ до декількох видів транспортних засобів, починаючи від маленьких квадроциклів і закінчуючи вертольотами.