Дія Star Trek Legacy починається через кілька років після закінчення телесеріалу Star Trek Enterprise. Зоряний флот швидко розвивається, з'явилися нові технології, такі як тяговий промінь або зоряні бази. Ви сідаєте за штурвал зорельота "Ентерпрайз NX-01", який було сильно модернізовано й оснащено всіма передовими технологіями, і ваша місія - знайти зниклий вулканічний корабель. Під час кампанії у вас буде можливість пограти всіма великими кораблями з п'яти серій, аж до USS Voyager під командуванням капітана Джейнвей. Усі п'ять капітанів (Арчер, Кірк, Пікард, Сіско, Джейнвей) озвучені своїми акторами з телесеріалів.
Особистий корабель
Ви керуєте своїм кораблем або безпосередньо за допомогою контролера, або віддаючи накази своєму штурвалу на карті поточного сектору, або позначаючи планети чи ворогів просто на екрані. Залежно від того, наскільки добре ви впоралися з місією, ви заробляєте командні очки, на які можна купити до 4 кораблів. Вони діють як загін. Ви можете віддавати їм окремі команди, наприклад, захищати цю позицію, або взяти на себе командування і сказати їм робити те, що робите ви. Якщо вас не влаштовують дії окремих кораблів, ви можете в будь-який момент взяти штурвал на себе.
мультиплеєр
Під час кампанії ви керуєте тільки кораблями Об'єднаної федерації планет і воюєте з клінгонами, ромуланцями і боргами. Але в мультиплеєрі ви можете стати на будь-який бік і битися проти 4 інших гравців або разом проти спільної загрози в коопі, в якому кожен гравець бере під контроль один корабель загону.
Різноманітність місій
Також у грі багато битв із ворожими кораблями, ваші цілі місії включають супровід медичних кораблів на отруєні планети або захист планет від астероїдів, що наближаються.