LEGO Star Wars III: The Clone Wars заснований на мультсеріалі "Зоряні війни: Війни клонів". Як завжди, гра повторює сцени з оригіналу, замінюючи все та всіх на цеглинки LEGO. Це також привносить гумор у гру тому, що конструкції LEGO є крихкими.
Як і попередники, ця гра побудована навколо трьох кооперативних кампаній. Гравці вибирають одного з багатьох персонажів Зоряних воєн, щоб пройти рівні. Вони складаються з багатьох боїв на основі дій, платформування та деяких головоломок, які вимагають співпраці двох персонажів. У гру можна грати поодинці, тоді компьютер бере на себе другого гравця.
Додатково до пішохідних місій є вікористання транспортних засобів, в яких гравці беруть контроль над ходунками або танками. Але гра також представляє новий тип місії, який використовує елементи стратегії в реальному часі. У цих місіях гравці опиняються на карті і повинні завоювати всі ворожі бази - але, на жаль, багато з них захищені. Щоб знищити цей захист, гравцям потрібен доступ до спеціальної зброї або підрозділів, які повинні бути виготовлені спочатку. Звичайно, для цього потрібні виробничі будівлі. Їх можна побудувати на вже завойованих базах. Аркадний багатокористувацький режим базується на цьому типі місії.