Король і принц Персії облягають замок махараджі, щоб пограбувати сховані всередині скарби. Щоб справити враження на свого батька, Принц пробирається всередину, щоб відновити чарівний Кинджал часу. Він швидко дізнається, що цей кинджал має здатність контролювати час. Однак зловмисний візир має інші плани щодо кинджала і обманює Принца розкрити таємничу таємницю Кинджала, через яку короля та багатьох його підданих перетворюють на піщаних зомбі. Тепер принц повинен з’ясувати, що сталося, і спробувати знову налагодити ситуацію.
Принц Персії: Піски часу - це бойовик з елементами платформування та вирішення головоломок. Він оновлює багато концепцій ігрового процесу з попередніх ігор і переносить їх у повністю тривимірний світ. Принц буде брати участь у боях на мечах, скелелазінні по стінах, ухиленні від колосків, вирішенні головоломок та ін. Принц також несе Кинджал Часу, що дозволяє йому розкрити кілька магічних сил. Найголовніша з цих повноважень - здатність повертати час назад. Ця здатність дозволяє гравцеві змінити свої дії, коли вони ведуть Принца на смерть.