Повернувшись з відпустки, яку Сонік взяв після того, як зірвав плани доктора Роботніка, він виявляє, що Хвостик і всі інші його друзі-тварини зникли. Сонік знаходить лист, в якому на нього чекає лист:
"Дорогий Соник,
Роботник повернувся, і він захопив усіх тварин на острові! Мене він тримає в місці, яке називається Кришталеве яйце. Щоб звільнити мене, ти повинен знайти і принести шість Смарагдів Хаосу.
Роботник змусив мене написати це. Він каже, що чекає на тебе, і що він створив шість дуже поганих роботів, щоб "позбутися тебе раз і назавжди". Я не знаю, що він задумав, але Соник, будь ласка, будь обережним!
З повагою, Хвостик."
Цього більш ніж достатньо для нього, і Сонік знову мчить, щоб перемогти Роботніка.
Версія для Master System повністю відрізняється від Sonic 2 для Genesis. Хвостик, очевидно, не супроводжує вас, як у версії для Genesis. Соник також не може виконати свій сумнозвісний сальто, просто ухилившись і натиснувши на кнопку стрибка.