FIFA 06 має абсолютно новий движок (замінний движок, що використовувався в п'яти іграх, починаючи з FIFA 2003), нові елементи управління та геймплея, найбільш помітні з яких - більше анімації та більш деталізована фізика та анімація м'яча та гравців, видалення непопулярних елементів управління Off the Ball, реалізованих у версії 2004 року, і переробка інтерфейсу штрафного удару, тому тепер не очевидно, чи вирішив гравець пробити по воротах або віддати пас нападнику. Новим є поняття "Командна хімія", яке впливає на те, наскільки добре команда грає колективно.
У грі представлені 26 ліг з 19 країн, 29 реальних стадіонів та більше 10'000 гравців з даними за сезони 2005-06 років, а також міжнародні команди, при цьому функція "Створити гравця" та безліч опцій управління залишилися недоторканими з попередніх версій. У режимі кар'єри, 15-річного сходження до вершини гри, з'явилися нові опції, такі як спонсорство (яке прийматиме лише хороші результати), контракти гравців та більше значення морального стану гравця: деморалізований гравець (зазвичай через відсутність гри чи можливий вплив випадкових) подій), швидше за все, показуватиме низькі результати, а також тиснутиме на показники "командної хімії", і може відмовитися від спроб продовжити свій контракт, пішовши по вільному трансферу.
Хоча в грі, як і раніше, багато розблокованих предметів (в основному треті комплекти), спосіб заробляння очок змінився. Замість того, щоб отримувати очки за виконання завдань (від входу в EA Trax або створення гравця до перемоги в Лізі чемпіонів або завершення кар'єри), гравець має пройти більше 100 сценаріїв на п'яти рівнях складності.