FIFA 06 имеет совершенно новый движок (заменяющий движок, использовавшийся в пяти играх, начиная с FIFA 2003), новые элементы управления и геймплея, наиболее заметные из которых - больше анимации и более детализированная физика и анимация мяча и игроков, удаление непопулярных элементов управления Off the Ball, реализованных в версии 2004 года, и переработка интерфейса штрафного удара, так что теперь не очевидно, решил ли игрок пробить по воротам или отдать пас нападающему. Новым также является понятие "Командная химия", которое влияет на то, насколько хорошо команда играет коллективно.
В игре представлены 26 лиг из 19 стран, 29 реальных стадионов и более 10'000 игроков с данными за сезоны 2005-06 годов, а также международные команды, при этом функция "Создать игрока" и множество опций управления остались нетронутыми с предыдущих версий. В режиме карьеры, 15-летнего восхождения к вершине игры, появились новые опции, такие как спонсорство (которое будет принимать только хорошие результаты), контракты игроков и большее значение морального состояния игрока: деморализованный игрок (обычно из-за отсутствия игры или возможного влияния случайных событий), скорее всего, будет показывать низкие результаты, а также давить на показатели "командной химии", и может отказаться от попыток продлить свой контракт, уйдя по свободному трансферу.
Хотя в игре по-прежнему много разблокируемых предметов (в основном третьи комплекты), способ зарабатывания очков изменился. Вместо того чтобы получать очки за выполнение заданий (от входа в EA Trax или создания игрока до победы в Лиге чемпионов или завершения карьеры), игроку предстоит пройти более 100 сценариев на пяти уровнях сложности.