Майстер підбору гри
Майкл Тортон. Ім'я без минулого. Людина, чиє життя до вступу в Альфа Протокол більше не існує. Альфа-протокол - таємна служба, яка не має жодних зв'язків з урядом США і спеціалізується на таємних операціях із захисту дому та країни. Завдання Тортона: Вбити лідера Аль-Самада на прізвисько "Шахід". Злочин Шахіда: Знищення пасажирського літака на Близькому Сході. Здавалося б, легке завдання. Але життя ніколи не буває таким простим - особливо, якщо доводиться мати справу з терористами. Зрештою, Шахід - лише початок великої змови, і Майку і гравцеві належить її розгадати.
Alpha Protocol - це гібрид рольової гри і шутера, що має певну схожість з Deus Ex. Гравець бере під свій контроль Майкла Тортона після його посвячення в світ Alpha Protocol, заглядаючи йому через плече. На початку гри гравець повинен вибрати один з чотирьох класів (Солдат, Польовий агент, Технічний фахівець, Фрілансер). Цей вибір значною мірою визначає його минуле, оскільки він може змінити всі попередньо визначені навички до остаточного старту гри. Крім того, гравець повинен налаштувати основний зовнішній вигляд Майка, хоча в ході гри він все ще може змінювати свою зовнішність на своїй конспіративній квартирі і в певних шафках, розкиданих по рівнях. Однак він обмежений рисами обличчя (в тому числі кольором) і одягом.
