Майкл Тортон. Имя без прошлого. Человек, чья жизнь до вступления в Alpha Protocol больше не существует. Alpha Protocol - тайная служба, не имеющая никаких связей с правительством США и специализирующаяся на тайных операциях по защите дома и страны. Миссия Тортона: Убить лидера Аль-Самада, известного как "Шахид". Преступление Шахида: Уничтожение пассажирского самолета на Ближнем Востоке. Казалось бы, легкая задача. Но жизнь никогда не бывает легкой - особенно если приходится иметь дело с террористами. В конце концов, Шахид - лишь начало большого заговора, и раскрыть его предстоит Майку и игроку.
Alpha Protocol - это гибрид ролевой игры и шутера, имеющий определенное сходство с Deus Ex. Игрок берет под контроль Майкла Тортона после его посвящения в мир Alpha Protocol, оглядываясь через плечо. В начале игры игроку предстоит выбрать один из четырех классов (солдат, полевой агент, технический специалист, фрилансер). Этот выбор в основном определяет его прошлое, так как он может изменить все заранее заданные навыки до финального начала игры. Кроме того, игрок должен настроить базовый внешний вид Майка, хотя по ходу игры он все еще может изменить свою внешность в своем убежище и некоторых шкафчиках, разбросанных по уровням. Однако он ограничен чертами лица (включая цвет) и одеждой.