Ninja Gaiden Sigma - це рімейк Ninja Gaiden Black, оновлений для платформи PlayStation 3. Основна сюжетна лінія така ж, з додаванням нового персонажа, що грає, Рейчел, мисливця на демонів. Вона має 11 місій у режимі місії (2 приховані), і її можна відтворити в 3 власних розділах. Вона володіє бойовим молотом, Хвостом Пелуди (батогом) для снарядів і Лезами Уробору для нінпо. Тоді як головна героїня Рю розблоковує костюми, для неї є 7 нових зачісок.
Для Рю також є деякі зміни. Його техніку зворотного вітру змінено, він може одночасно бігати по воді, плаваючи, і битися, він може стріляти стрілою в повітрі і використовує предмети відновлення, не переходячи до меню. Є одна нова зброя, Кіготь Дракона і Ікло Тигра; набір подвійних катан, а підводний пістолет став снарядом.
Загалом, графіка була налаштована на високу роздільну здатність PS3, деякі послідовності FMV стали ігровими кат-сценами, є зміни в розміщенні предметів, зустрічах, нарощуванні історії, ШІ та пошкодженні, три нових ворога (Байкери MSAT, Mermen, Ghost Fires) та два нові боси (Гарнов, Альтернатор). Гравці також можуть струсити контролер SIXAXIS, щоб збільшити силу кастованого нінпо.