Ninja Gaiden Sigma - это ремейк Ninja Gaiden Black, обновленный для платформы PlayStation 3. Основная сюжетная линия та же, с добавлением нового игрового персонажа, Рэйчел, охотницы на демонов. У нее есть 11 миссий в режиме миссии (2 скрытых) и можно играть в 3 собственных главах. Она владеет боевым молотом, Хвостом Пелуды (хлыстом) для снарядов и Клинками Уроборуса для нинпо. В то время как главная героиня Рю открывает костюмы, у нее есть 7 новых причесок.
Есть также некоторые изменения для Рю. Его техника обратного ветра была изменена, он может бегать по воде во время плавания и сражаться одновременно, он может стрелять стрелой в воздухе и использовать предметы восстановления, не заходя в меню. Есть одно новое оружие, Коготь Дракона и Клык Тигра; набор сдвоенных катан, а подводное ружье стало метательным оружием.
В целом, графика была доработана для обеспечения высокой четкости PS3, некоторые последовательности FMV стали внутриигровыми кат-сценами, есть изменения в размещении предметов, столкновениях, построении сюжета, AI и уроне, трех новых противниках. (Байкеры MSAT, Mermen, Ghost Fires) и два новых босса (Гарнов, Генератор). Игроки также могут встряхнуть контроллер SIXAXIS, чтобы увеличить силу произносимого нинпо.