Biomutant - це ролева гра з відкритим світом і видом від третьої особи, в якій гравець управляє млекопитающим воїном у світі, наповненому тваринами, що мутували. Гравці спочатку настроюють свого персонажа, включаючи довжину, форму і товщину тіла, хутро, ікла і багато інших атрибутів, які можуть бути налагоджені, і усі вони роблять прямий вплив на статистику персонажа під час ігрового процесу. Товщий персонаж важчий, що робить його повільніше, але, навпаки, дозволяє йому наносити більше ущербу і чинити опір йому. Бойова система поєднує в собі атаки ближнього бою і стрільбу на далекі дистанції. Гравець збирає деталі по ходу гри і комбінує їх для створення зброї. Кожна деталь по-своєму впливає на статистику кінцевого продукту.
У грі представлені різні афікси, у тому числі кріогенні і електричні, які ефективні у битвах. Якщо на зброю надіта кріогенна деталь, вороги при попаданні в них заморожуються. Гравець може комбінувати силу декількох видів зброї, перемикаючись між ними під час бою. Головний герой може ухилятися вліво, управо і назад, а також стрибати. Окрім підвищення рівня ігрового персонажа, гравець може використати окуляри підвищення рівня, щоб посилити його атрибути або відкрити нові комбінації атак. Ще один спосіб вивчити нові прийоми - взаємодія з конкретними персонажами в кожній області. Більшість прийомів грунтована на зброї, яку можна створити за допомогою системи створення зброї.