Таємнича інопланетна раса під назвою Байдо почала війну з людством і, втрачаючи хвилю за хвилею ворожих винищувачів на території Байдо, Земля відправила самотнього командира на чолі невеликої армади в саме серце імперії Байдо, щоб покласти край війні.
R-Type Command - це покрокова стратегія-римейк шутера з бічною прокруткою серії R-Type. Ця версія все ще має вид з бічною прокруткою, але використовує гексагональну сітку для переміщення. Гравцям доступні понад 100 юнітів, а також безліч зброї, яку можна розблокувати і використовувати проти ворожих кораблів. Після кожної місії гравці можуть купувати оновлення, зброю та кораблі, які можна використовувати в наступних місіях.
Гравці тепер вибирають, яку сітку вони хочуть атакувати і який корабель і зброю вони хочуть використовувати. В кінці кожного рівня гравець буде вступати в гігантські битви з босами, використовуючи всі свої кораблі і зброю, що є в його розпорядженні. Гравці можуть не тільки грати за Земні сили, але також можуть вибрати сторону Байдо при нападі на Землю. Існує також онлайн-можливості з використанням Ad-Hoc, що дозволяє людським супротивникам зійтися в бою віч-на-віч.