У першій пригоді Сема Фішера його осягає трагедія. Незабаром після цього життя Сема руйнується. Він все більше віддаляється від Третього ешелону. Доходить до того, що його навіть заарештовують.
Але все це - частина плану. Сем Фішер тепер подвійний агент, що працює як на АНБ, так і на терористичну організацію, відому як JBA, або Армія Джона Брауна. Сем здебільшого залишається хорошим хлопцем. Але чи залишиться він таким? Чи зробить Сем добру справу для АНБ і приверне організацію до відповідальності, або ж спокуса терористичного угрупування здолає Сема?
Вибір, який ви зробите, вплине на цей результат. Моральні питання будуть спливати в різних місцях протягом всієї гри. Застрельте ви укладеного, щоб завоювати довіру JBA, або утримайтеся, щоб АНБ було на вашому боці? Який би результат ви не вибрали, довіру до одного з них буде падати, а до іншого - рости. Ця система довіри - нове доповнення до Double Agent.
У міру проходження десяти місій вашими найкращими друзями стануть тінь і тиша. Ви можете піти в бій зі зброєю напереваги, але далеко не підете. Як майстру шпигунства, Сему доведеться обходити ящики і стіни, ховатися під машинами і столами, пробиратися через зони з особою охороною і обходити електронні, дактилоскопічні, голосові і інші замки. Ви повинні допитувати або зламувати, щоб отримати коди і комбінації, і у вас є вибір: збити ворога з ніг або вбити його. Коли ви висите на перилах, ви можете дозволити ворожому охоронцеві пройти повз, або підтягтися, схопити його і кинути вбивши його. Ваше найкраща зброя - це рот. Замани ворога до себе свистом, а потім підкрадися до нього, коли він кине свій патруль, щоб знайти джерело шуму.